在《大明王朝1566》中，马宁远是个可圈可点的人物，如杨金水评价的“肯干事，认上司”是他的长处，他是个耿直的人，但也因为过于耿直，没有权谋之心，才被何茂才那一伙人利用，做了剧中第一个被牺牲的棋子。倘若不是胡宗宪点醒，他就是那种被卖了还帮人数钱的那种人，真实可悲可叹！

马宁远是个忠厚之人，一心报答胡宗宪的知遇之恩，因而尽力促进改稻为桑。从毁踏青苗，到毁堤湮田都是执行人之一。最后毁堤淹田事件发生后，还是想着替部堂分忧，一切罪责都由自己担着，不想连累牵扯“上面”的那些人。直到何茂才卖了他，他才明白胡宗宪的用意，也才一五一十的交代了郑泌昌、何茂才他们做的事情。成为胡宗宪逼退杨金水、郑泌昌他们继续推行改稻为桑，从灾民手中贱买桑田的关键把柄。

剧中的马宁远是条汉子，也是被八股文祸害了的好官。从改稻为桑国策的推行过程中可以看出，他首要为国，其次为民。在国策和百姓面前，他选择牺牲百姓。因为在他心中，国策为大，这就是为什么说他被八股文祸害的原因。但是在良知和前途面前，他选择了良知。他没有举报别人，而是选择自己扛罪，且不说给百姓交代，他这是给部堂，给自己一个交代。

马宁远出身卑微，能做到杭州知府已经是光宗耀祖了。他最感谢的人就是胡宗宪。对朝廷来说，他是个好官。但是就百姓而言，他并不是海瑞那样受万民敬仰的海青天。所以才有了他那句名言：“怕死？怕是就把头上的乌纱帽给摘下来，改稻为桑是国策，死一千个人，死一万个人，就是全浙江的人都死了也得执行”。