1621年三月二十一日，努尔哈赤攻克辽阳，当即决定迁都辽阳。和辽阳相比，赫图阿拉只是一个偏远的山城，只适合据守，不适合进取。后金想要发展成为一个强大的地区民族国家就必须迁都。从军事的角度说，努尔哈赤获得辽东后，明金战争的战场就推进到了辽西走廊一带，从赫图阿拉出发的话，距离就比较长了，对后勤的压力就更大，对粮草的消耗就更多。在如此的背景下，努尔哈赤将目标锁定了辽阳。

辽阳自古以来就是辽东地区的政治、经济、文化中心。辽阳位于太子河畔，地势平坦，也避开了辽河下游的“辽泽”地带，有利于农业的发展。在交通上，太子河水量较为丰富，有利于水运发展，适合军事镇守和物资调配。辽阳又处于辽东的陆运交通枢纽上，北可以通建州、南可以达旅顺海口，东可以联络朝鲜，西可以交通蒙古，《大明一统志》记载辽阳:“负山阻河，控制东土。秦筑鄣塞，以限要荒。临闾之西，海阳之北，地实要冲，东北一都会也!”

从经济的角度考虑，迁都辽阳也是必要的。辽阳地形平坦，更适合后金农业的发展。努尔哈赤还提到吃盐的问题。居住在赫图阿拉时，食盐匮乏，努尔哈赤不得不派人到东海（日本海）煮盐，但距离远，沿途是崎岖的山区，运输困难。随着后金人口不断增加，对食盐的需求也越来越大。但运输困难导致食盐一直紧缺，一些奴隶甚至因为吃不上盐而选择逃亡。努尔哈赤认为辽阳距离大海较近，又有河流通海，迁都到此就可以解决食盐短缺的问题。

努尔哈赤在说服满洲贵族后，就下令在太子河以东修建辽阳东京城作为新都。1622年，东京城尚未建成，努尔哈赤就下令迁居其中。辽阳原本有南北二城，南城是辽东都司驻地，居住的主要是军官和屯田士兵；北城居住的主要是平民。努尔哈赤攻占辽阳后，让旗民居北城。东京城建立后，又下令旗民迁居东京，而汉人居旧城，实行“满汉分居”。这种分居制度是古代东北少数民族王朝的传统，例如辽国时期就有契丹人居内城，汉人居外城的规定。契丹人征服喀喇汗国后，也在八剌沙衮外驻扎，形成了虎思斡耳朵。

此种民族分居的政策是基于现实情况而出现的。从军事角度来说，旗民为军，平民为民，自古以来军民分治。旗民分治也是对明朝南北二城军民分治的继承；从民族的角度来说，女真人口少，分居有利于加强对汉人的防范和治理，混居则容易导致本民族的文化习俗在短时间被迅速同化，这是不利于本民族的凝聚和发展的；从治安的角度说，混居容易加剧相互之间的矛盾，引发各种社会治安问题，也不利于女真人的人身安全。对于少数民族来说，民族分居是最佳的选择，但此举也在人为上造成了民族的隔离，长期而言会形成满汉对立的民族心理。

迁都辽阳后，努尔哈赤对金国的政治制度进行了一些调整。

（1）确立了满洲议政王会议的“原始民主”制度，该制度的确立标志着努尔哈赤将过去五大臣的治国理政的权利转移到了八旗旗主手中，加强了宗室对国家的控制，也是贵族政治体制强化的标志。

（2）开始仿照明朝的制度，建立武官制度。以前，后金只有额真等贵族官职，但占据辽东，大量的汉人将领归降，努尔哈赤就吸取明朝的武官制度，设总兵、副将、参将、游击等职位。占据辽东后，努尔哈赤还设都堂一职专门管辖辽东的汉人事务。都堂是明朝都察院上官的简称，包括都御史、副都御史，佥都御史等，一般总督、巡抚、经略都兼任这些职位，所以女真人和蒙古人将明朝派遣到辽东的总督、巡抚、经略称之为“都堂”。

需要注意的事，由于后金粮食不能供应一套成熟的官僚体系，所以后金的官僚体系只是一个半成品。国家给不是定期给将领官员发放俸禄，而是不定期给将领、官员分配粮食、牲畜或者金银等财物，其分配之物少部分来自于平民的赋税，大部分来自于对外战争的掠夺。

迁都辽阳后，努尔哈赤却没有改变传统的治国模式，导致民族矛盾异常尖锐。在经济上，他下令迁徙各地的汉人，推行“计丁授田”，也就是圈占土地。名义上是圈占无主之地，但实际上变成了掠夺土地。汉人被强制迁徙到其他地方。在民俗上，强制剃发。在军事上，对汉人高度防范，严禁汉人持有武器。

在这种高压的统治下，辽东的汉人频繁发动反抗。例如，向水井投毒、逃亡、暗中支持辽海上的毛文龙等。针对此种现象，努尔哈赤变本加厉，继续加强对汉人的高压统治。到1625年的时候，由于种种因素，努尔哈赤在辽东的统治危机已经越发严重，最终不得不将首都迁徙到西北的沈阳。