乾隆二十四年（1759年），清朝名将富德率领五千精兵越过帕米尔高原，进入巴达克山（位于今阿富汗东北部），清剿大小和卓（大和卓波罗尼都、小和卓霍吉占）叛军的残余力量，并宣称中亚的任何国家若敢庇护和卓家族，必将与大清帝国为敌，届时清军将进行严厉打击。凭借富德的强硬威胁以及清军在平定准噶尔汗国和南疆的显赫战功，巴达克山的首领素勒坦沙最终被迫将波罗尼都、霍吉占以及他们的党羽数百人交给清军。富德将波罗尼都和霍吉占的首级通过快马送往北京，其余党羽则全数遭到凌迟处死。至此，大小和卓之乱彻底平息，天山以南的广袤土地重新纳入中华版图。与此前平定的北疆地区相加，西域时隔千年再次归属华夏大地。清廷将这一新征服的区域命名为新疆，意指旧疆新复。

然而，和卓家族根基深厚，纵使被镇压，依然如百足之虫，死而不僵。毕竟，和卓家族在南疆经营已久，且南疆远离大清帝国的核心统治区，清军在平定大小和卓叛乱时，并未彻底根除所有的威胁。大和卓波罗尼都的儿子萨木萨克逃往浩罕国（今吉尔吉斯斯坦）幸存下来。此后，萨木萨克的儿子张格尔，便成为了继而掀起南疆风波的关键人物。张格尔在大小和卓之乱后的六十多年后，试图再次在南疆制造动乱。

嘉庆四年（1799年），乾隆皇帝去世，大清帝国进入了嘉道中衰的时期。帝国早已不复康乾盛世的繁荣，甚至其强盛的气势也逐渐消退。与此同时，英国完成了工业革命，成为全球最强的国家，实力位居世界之巅。此时，英国已经征服了印度，正打算将侵略的触角伸向大清帝国。

作为横扫亚洲近200年的强国，大清帝国曾击败沙俄帝国，甚至连英国最初对大清的实力也没有完全把握。因此，英国决定通过一场代理人战争来试探大清的真实国力，而张格尔无疑成为了这一代理人战争的完美代表。道光六年（1826年）6月，张格尔在英国教官的协助下，带领300名叛军由开齐山进至喀什噶尔（今喀什）北部约60公里的阿尔图什（今阿图什），在当地煽动民众叛乱。为了获得外援，张格尔出卖南疆的土地和人民，诱使浩罕国出兵，并承诺割让喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌和和阗的子女与玉帛作为回报。在张格尔的挑唆下，浩罕国派遣了万余骑兵进入南疆。

清朝在大小和卓之乱后，南疆已连续60年没有发生大的战事，防务薄弱。张格尔的叛乱突然爆发，令清军措手不及。叛军迅速占领了英吉沙尔、叶尔羌、和阗、喀什噶尔等地，在这些地方肆意掠夺财富，并强迫当地壮丁参军，迅速扩大军队规模，人数超过了10万人。消息传到北京后，道光帝指派伊犁将军长龄为主帅，带领陕西、甘肃、吉林、黑龙江、四川五省兵共计三万余名精锐前往南疆平叛。同时，叛军加紧进攻清军在南疆最后的防线——阿克苏，试图切断清军通往南疆的唯一通道，构建有利于守卫天山的态势。叛军的猛攻下，守城的清军浴血奋战，最终坚持到增援部队的到来，叛军只得撤围而退。 道光七年（1827年）2月，杨遇春率领三万清军反攻至浑巴什河北岸，离叛军的老巢喀什噶尔仅10里。张格尔迅速集结12万人，准备在浑巴什河南岸阻击清军。由于叛军得到了英国武器支持，其火力异常强大，且人数是清军的四倍，张格尔对战胜清军充满信心。在这种敌众我寡的情况下，杨遇春临危不惧，指挥清军主力佯攻叛军正面，成功吸引叛军主力的注意。同时，他派遣锡伯悍将额尔古伦带领一千多名索伦勇士和锡伯勇士组成突击队，趁夜渡过浑巴什河，从侧面发起攻击。额尔古伦带领的突击队表现英勇，迅速破坏了叛军阵型，而杨遇春趁机发起全面进攻。最终，叛军在前后夹击下大败，清军斩杀了叛军万余人，其余的叛军溃散，叛乱彻底平息，南疆重归清朝统治。