明崇祯十五年（公元1642年），李自成领导的大顺农民军在围攻开封的过程中，展开了三次激烈的攻势。围城战从五月持续到九月，接近四个月的时间里，守城的明军面临了极为严峻的局面。由于长时间的围攻，城内的食物几乎被耗尽，连树皮和野草根都成了最后的“食物”。明军士兵们面色苍白，身体虚弱，根本无力进行突围。

面对如此危急的情况，开封的守将高名衡与其他几位主官在朱家寨堤口召开紧急会议，共同商讨对策。他们想利用黄河水流的力量来淹没围攻的农民军。然而，李自成早已意识到，经过长时间的围城，他的军队也遭受了巨大的损失，于是他决定在马家口的堤坝处开口，让黄河的洪水淹没开封。

史书记载，九月的秋天，天降暴雨，雨水几乎没有停歇，整整一个月。河水暴涨，形势愈发紧急。为了改变困境，明军果断地决开了黄河朱家寨的大堤。10月9日，堤坝被打破，汹涌的黄河水像猛兽一样咆哮着奔腾而出，直冲向开封城。农民军对这一突如其来的洪水毫无准备，他们原本在围攻中等待进攻的时机，却没想到这场洪水会在关键时刻爆发。瞬间，数万人被水吞没，葬身其中。幸存者仅有约两万人。

10月10日，农民军决定再次打开黄河马家口的堤坝，导致两处决口，河水更加汹涌澎湃，宛如万马奔腾般的浪潮轰然倾泻。开封城北门很快被急流淹没，洪水从东南门冲出，整个城市再次被淹没。

到了傍晚时分，浑浊的黄水已经涨到数丈深，钟鼓楼和明宗藩周王府城变成了孤岛，周围的土地被吞没成汪洋一片。史料记载，开封城内的民居几乎被洪水淹没，成千上万的居民丧命，水面上漂浮着无数尸体。开封的居民总数约有一百万，而大水退去后，仅剩下两万余人幸存。当洪水退去，城市大部分房屋被厚重的淤泥覆盖，残破不堪。来自溃堤的洪水继续东流，九天后冲入了雎州城，并向东南蔓延至亳州。在这一过程中，由于多种人为因素，黄河的水道也发生了变化。