明朝灭亡后，曾让百官感到恐惧的锦衣卫究竟去了哪里？事实上，锦衣卫并没有完全消失，清朝时期它依然存在，只是名称和职能发生了变化，权力也大大降低了。

锦衣卫最早由朱元璋创建，最初的名字是“拱卫司”，后来更名为“亲军都尉府”，主要负责皇帝的出行和日常侍卫工作。随着朱元璋加强自己的权力，他赋予锦衣卫更多的职能，包括巡查、缉拿官员以及管理刑狱等，迅速成为了一个令官员们心生畏惧的组织。锦衣卫的强大，使得许多不法官员被查处，甚至包括一些开国功臣。随着一些大臣如胡惟庸、蓝玉被查办，朱元璋开始担心锦衣卫的权力过大，最终收回了一部分赋予它的特权。

然而，当朱棣通过靖难之役夺取了皇位后，他恢复了锦衣卫的职权，并且为了避免锦衣卫过于强大，他还设立了“东厂”来进行相互制衡。锦衣卫和东厂的负责人都是皇帝最信任的人，但东厂的太监因更容易得到皇帝的宠信，地位逐渐超过了锦衣卫。尽管如此，东厂主要活动在皇宫内，而锦衣卫则负责全国的情报工作，令许多官员更加惧怕它，常常不得不暗中与锦衣卫打交道。

至于明朝灭亡后，锦衣卫究竟去了哪里？这就要提到最后一任锦衣卫指挥使——骆养性。骆养性出身锦衣卫世家，他的父亲骆思恭曾是锦衣卫指挥使，后来被魏忠贤陷害。崇祯帝即位后，铲除魏忠贤一党，将骆养性提拔为锦衣卫指挥使。骆养性在崇祯时期得到了皇帝的信任，最著名的政绩是查办了首辅周延儒。1643年，周延儒谎报大劫，而锦衣卫及时发现了这一问题，密报给崇祯，最终导致周延儒被查处并自尽。

然而，明朝灭亡时，骆养性为了保命选择了投降李自成的义军。随后的几个月，京城又被清军攻占，骆养性再次投降清朝。最初，清朝任命他为天津总督，但他私下接见南明的使者，事件暴露后被多尔衮革职，最后被给了一个没有实权的虚职，最终去世。

此外，还有人认为，南明永历帝时期的锦衣卫指挥使马吉翔才是最后一任锦衣卫指挥使，因为南明继承了大明王朝的旗号。但无论如何，自从骆养性投降李自成后，锦衣卫的实质性功能已经消失。

清朝入关后，虽然保留了锦衣卫的名字，但其职能和权力大幅缩小，名称也改为“銮仪卫”，变成了一个主要负责皇帝仪仗和侍卫的机构，再也不具备锦衣卫昔日的强大权力。就这样，曾经辉煌的锦衣卫，随着时代的变迁，逐渐沦为一个普通的仪仗卫队，权力也不再如往昔那般显赫。