1949年10月24日晚上11点左右，28军82师第244团、84师第251团、29军85师第253团作为第一梯队，分别从莲河、大嶝岛和沃头等地起航，向金门岛进发。经过两个多小时的航行，船队逐渐接近金门。就在此时，金门岛上的一个排长卞立乾在查哨时不小心踩到了地雷，巨大的爆炸声震动了岛上的守军，大家从睡梦中惊醒。

在探照灯的光照下，岛上的守军看到海面上有大量船只正驶向金门，于是他们迅速开炮进行拦截。战前，肖锋原本安排82师师长钟贤文随244团一起过海指挥，但在出发前，244团团长邢永生发现船只不够，部队装不下，硬是拿走了师部的两艘指挥船，导致钟贤文没船可用，只能等第二梯队的船只返航后，再一起登岛。

福建是个沿海地区，民众多数靠捕鱼和运输为生，本应不缺船只。然而，在汤恩伯撤退时，强行收缴了大量民间船只并下令销毁，造成了极大的运输困难。而福建刚解放，地方事务还未完全展开，百姓对解放军并不完全了解，甚至一些人即便有船，也不愿交给我军使用。肖锋费尽心思才勉强找到300条船，但这些船老大对运送部队并不积极，担心战火中遭遇危险。为了激励他们，政工人员通过做思想工作和提供好酒好肉，还发给他们工钱。

然而，300条船只能一次运送约三个团的部队。244团的船只不够，邢永生不得不向师部借用两条指挥船。这样一来，钟贤文无法参与第一梯队的进攻，只能等船只返回后再登岛。由于指挥人员的缺席，第一梯队的三个团虽然成功登岛，却因缺乏统一指挥而各自为战，直接向敌人阵地发起进攻。

根据战前计划，这300条船在第一梯队成功登陆后应立即返航，准备运送第二梯队。然而，登陆后却正遇到落潮，所有船只都搁浅了。这些船多数是木帆船，原本如果是老解放区的船老大，肯定会立刻采取措施将船推回海里，但这些福建地区的船老大显然没有这样的经验，他们只是等待涨潮。天亮后，敌方飞机赶到，开始对这些搁浅的船只进行轰炸，很多船老大也因此丧命。

清晨，岛上的守军开始反击，并在坦克的支持下，发起了猛烈的进攻。到25日下午3点左右，胡琏兵团的4个团成功增援金门，使得岛上的守军力量大大增强。到了黄昏时分，我方第一批登岛的三个团已经损失惨重，弹药几乎耗尽。

此时，244团团长邢永生已经受伤并被俘，251团团长刘天祥和253团团长徐博带领还能战斗的人员，依托古宁头的石房子进行坚守，并请求增援。肖锋在莲河指挥所急得团团转，虽然他手头上还有5个团的兵力，但没有船只，无法派兵增援。无奈之下，他只能向自己的老首长刘培善求助。刘培善答应从厦门调船，并指示孙云秀准备好随时过海。

然而，28军内部有些人认为，在守军增援下，即使再派一个团过去也无法改变战局，反而会增加无谓的伤亡。于是有人建议，如果有船的话，可以空船过来接回岛上的部队。肖锋在犹豫后，向兵团司令叶飞请示。叶飞答复：“只要还有一线希望，就要增援，和胡琏拼到底！”这个命令后来证明过于仓促，导致了更多的伤亡。

25日早上，刘培善从厦门派来了几条船。孙云秀随即带领部队渡海增援。虽然增援一度提升了士气，但此时岛上能继续作战的部队已经不足一个团，失利的局面几乎无法挽回。26日上午，胡琏兵团的19军全部抵达金门，守军人数迅速超过我军，而胡琏也亲自上岛指挥。11点左右，刘培善终于到达莲河，这是金门战役开打以来兵团领导第一次亲临前线。

肖锋向刘培善汇报了战况，表示现在无法过海增援，且无法撤回已经登陆的部队。刘培善虽然尝试寻找解决办法，但船只一直难以到达。直到黄昏，才从厦门方向派来一条机动船。这条船速度很快，临近岸边时，朱云谦急忙指挥让船慢点靠岸，但船老大却加速行驶，结果船搁浅了。朱云谦愤怒至极，拔枪欲射船老大，但被部下拦住。此时，船无法再使用，朱云谦也无法继续执行增援任务。

最终，我方部队在与敌人激战了两天三夜后，未能扭转战局，9000多名官兵大多数战死，剩余的被俘。三个团几乎全军覆没，这也是解放战争中唯一一次如此惨痛的失败。