《康熙王朝》中关于朱三太子在京城作乱的情节，在历史上确有原型。康熙十二年（1673年），京城确实发生过一起以朱三太子为号召的反清事件。不过真实历史中的情节远比戏剧更为复杂，参与者身份也更为多样。

这次事件的主角名叫杨起隆，他原名朱次门，后改名为杨起隆。此人聚集了数百名追随者，其中不乏京城权贵府中的仆役和工匠。比如镶黄旗监生郎廷枢府上的黄姓裁缝，以及正黄旗周全斌之子周公直府上的陈益等人。据杨起隆被捕后的供述，他是在康熙十二年来到京城后，与吴三桂之子吴应熊密谋，计划在十二月二十三日的五更时分在京城内外同时举火起事。

然而计划在实施前两天就败露了。先是郎廷枢察觉异常，将府中四名可疑仆人拘押并上报。随后周公直也发现家中突然聚集了三十多名陌生人，立即向官府举报。正黄旗都统图海、祖永烈率兵包围了周公直府邸，镶黄旗副都统纪哈里也带兵增援。在官兵围捕时，这些密谋者纵火抵抗。镶黄旗将领鄂克孙率先冲入，最终将陈益等人擒获。但杨起隆却趁乱逃脱，从此销声匿迹。

值得注意的是，这次事件的主谋其实是吴应熊，杨起隆只是执行者之一。这次行动主要是为了策应南方三藩之乱，虽然声势不小，但实际造成的破坏有限。杨起隆逃出京城后，改姓任姓，假扮道士潜逃至汉中地区。在那里他继续以安国大将军的名义发布反清檄文，联络各地反清势力。最终在汉中通判孙世哲的追捕下，于三河口地区落网，同时被缴获伪造的官印、文书和兵器等物证。

在康熙四十七年（1708年），江南地区又出现了一个自称朱三太子的一念和尚。他在江南各地散发反清檄文，联络前明遗老和汉族士绅。其中陈赓元、朱永祚等人不仅热情接待他，还提供资金支持。朱永祚甚至公开使用明朝年号作诗。这些人都被处以极刑。

康熙六十年（1721年），台湾人朱一贵也冒用朱三太子名号聚众造反。这次起义规模较大，台湾总兵欧阳凯在镇压时被杀，叛军一度占领府城。福建总督觉罗满保紧急调集水师提督施世骠、南澳总兵蓝廷珍等率军镇压，最终在六月收复府城，擒获朱一贵。

雍正年间，山东人张玉在算命先生说他帝王之命的蛊惑下，也假托朱三太子之名煽动叛乱，后被步军统领衙门缉拿归案。雍正帝曾感叹：康熙年间，各处奸徒动辄以朱三太子为名作乱，如一念和尚、朱一贵者，不可胜数。

历史上真正的朱三太子名叫朱慈焕，是崇祯帝的第四子。康熙帝对朱三太子的传闻极为重视，下令全国通缉。康熙四十七年，山东巡抚根据线报，在汶上县抓获了化名私塾先生的朱慈焕。据审讯记录，朱慈焕与三哥幼年失散，为躲避追捕，他化名王老先生在江浙一带隐居，后逃往山东改姓张。被捕时已七十五岁高龄，最终仍被处死。他的家人为免受辱，多已自尽。

雍正帝对持续不断的朱三太子事件十分恼火。雍正七年，他专门发布上谕辩解：清朝是从李自成手中取得天下，实为明朝报仇；且厚待明室后裔，百姓还要以朱明后裔之名造反，实在不该。这道上谕被下发到全国各地张贴。

清朝统治期间，打着前朝旗号的反抗确实比其他朝代更为频繁。究其原因，主要是清朝推行的剃发易服等政策严重违背汉人传统，激起了强烈反抗。扬州十日、嘉定三屠等惨案更让汉人怀念明朝。这才是朱三太子名号屡试不爽的深层原因，而雍正帝的解释显然未能触及这一核心问题。